Dans le secteur de Hunnegem, une église paroissiale avait été établie dès la fondation de la ville au XIème siècle.
Au XIIIème-XIVème siècle, la petite église romane d'origine a bénéficié d'une nef de prolongement et d'une petite tour gothique en pointe. Depuis le XIVème siècle, l'église était connue pour être un pèlerinage en l'honneur de Notre-Dame.
En 1624, quelques soeurs bénédictines sont venues s'installer à Hunnegem pour y dispenser un enseignement. Les soeurs ont construit un couvent dans la Gasthuisstraat, à côté de l'église romane.
L'église doit son intérieur néo-gothique de 1887 à l'artiste de Grammont Louis Bert de L'Arbre.